; parse-gtf  -v 2 -i $RSAT/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34.gtf -fasta $RSAT/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34.dna.toplevel.fa -fasta_rm $RSAT/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34.dna_rm.genome.fa -fasta_pep $RSAT/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34.pep.all.fa -org_name Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34 -task all -taxid 54126 -gtf_source ensemblgenomes -batch -o $RSAT/public_html/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome
; Program version       	1.48
; Input files
;	fasta_rm     	/vh/rsat/rsat/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34.dna_rm.genome.fa
;	gtf          	/vh/rsat/rsat/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34.gtf
;	fasta        	/vh/rsat/rsat/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34.dna.toplevel.fa
;	fasta_pep    	/vh/rsat/rsat/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34.pep.all.fa
; Output files
;	peptidic_sequences	/vh/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/peptidic_sequences.fasta
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;	gene_gtf     	/vh/rsat/rsat/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34_gene.gtf
;	contig_rm    	/vh/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/contig_rm.tab
;	gene         	/vh/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/gene.tab
;	stop_codon_gtf	/vh/rsat/rsat/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34_stop_codon.gtf
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;	gene_start_gtf	/vh/rsat/rsat/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34_gene_start.gtf
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;	cds          	/vh/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/cds.tab
;	three_prime_utr_gtf	/vh/rsat/rsat/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34_three_prime_utr.gtf
;	log          	/vh/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/log.txt
;	exon         	/vh/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/exon.tab
;	organism     	/vh/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/organism.tab
;	contig       	/vh/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/contig.tab
;	tss_gtf      	/vh/rsat/rsat/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34_tss.gtf
;	stop_codon   	/vh/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/stop_codon.tab
;	start_codon_gtf	/vh/rsat/rsat/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34_start_codon.gtf
;	five_prime_utr_gtf	/vh/rsat/rsat/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34_five_prime_utr.gtf
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;	start_codon  	/vh/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/start_codon.tab
;	contigs_txt  	/vh/rsat/rsat/public_html/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/contigs.txt
;	fasta_pep_lengths	/vh/rsat/rsat/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34.pep.all_lengths.tab
;	fasta_rm_lengths	/vh/rsat/rsat/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34.dna_rm.genome_lengths.tab
;	exon_gtf     	/vh/rsat/rsat/data/genomes/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34/genome/Pristionchus_pacificus.P_pacificus-5.0.34_exon.gtf
; Parsed rows per feature type
;	cds          	262888
;	exon         	264970
;	gene         	29644
;	start_codon  	28721
;	stop_codon   	28428
;	transcript   	29644
; Parsed rows per contig
;	Contig       	Total	cds	exon	gene	start	stop	transcript
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;	Ppa_Contig540	39	10	12	5	4	3	5
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